Но истоки легенды, наверное, в том, что вокруг собора по рекомендации комиссии Мушкетова после землетрясения 1887 года для смягчения поверхностных сейсмических волн была вырыта глубокая галерея, заполненная песком. Может быть, в рассказах строителей собора она впоследствии и трансформировалась в завораживающе таинственный подземный ход.
Судьба собора оказалось многострадальной. В 1921 году его закрыли. Хозяевами здесь стали «обновленцы» — отколовшаяся от православия просоветская ветвь церкви. Все мало-мальски ценное было растащено. Исчезла библиотека.
В разные годы в соборе располагались: Общество пролетарского туризма и экскурсий; редакция женской газеты «Тильчи»; радиокомитет, где шли записи хора и солистов, а на колокольне были установлены антенны Всесоюзного радио. В преддверии переезда из Кзыл-Орды в Алма-Ату столицы Казахстана в 1927 году был снова приглашен Андрей Павлович Зенков. К тому времени, пройдя через горнило Первой мировой, он работал главным инженером Киргизской АССР в Пишпеке. Ему поручили переоборудовать собор под музей. Талантливый инженер и строитель сделал это, совершенно не нарушая основные несущие конструкции. Под настилами и обшивкой удалось сохранить мозаичный метлахский пол и роспись потолков.
В 1929 году с большой агитационной помпой были сброшены и отправлены в переплавку колокола, отлитые ещё в 1894 году в Гатчине. Самый большой весил 249 пудов 17 фунтов. Чудом уцелел самый маленький. Он был возвращен известным коллекционером и собирателем древностей, Николаем Николаевичем Гринкевичем, 25 мая 1995 года, когда на звонницу водружали новые колокола.
С 1929 по 1987 год в соборе располагался Центральный государственный музей Казахстана. У входа долгое время стояли гипсовые фигуры Ленина и Сталина, самодельные пушки Черкасской обороны с деревянными, окованными железными кольцами стволами. И, пожалуй, самым привлекательным для детворы экспонатом музея был спил гигантской тянь-шаньской ели, на котором, при усердии, можно было насчитать 275 годовых колец.
В 1987 году собор переоборудовали под концертный зал и выставочную галерею. В эти же годы развернулось общественное движение по возвращению храма в лоно церкви, которое увенчалось успехом. В мае 1994 года после 65-летнего перерыва здесь состоялось пасхальное богослужение. В это время моросил легкий дождичек, и в небе над собором несколько минут висела радуга, к сожалению, не оставившая никаких следов на чёрно-белой фотопленке.
Через год храм официально был безвозмездно передан в бессрочное пользование Алматинской и Семипалатинской епархии. Начались восстановительные работы, в ходе которых, на стенах собора появились стилизованные росписи алматинских художников Александра Лукина и Юрия Суппеса, весьма неоднозначно воспринятые прихожанами.
Кто из вас не слышал коронную фразу: «Построен без единого гвоздя!», умиляющую всех приезжих. Они задирают головы, восхищенно цокают языками. Им и невдомек, что на гвоздях такая махина просто не устоит. Тут такие металлические скрепы, болты, бандажи, тяги сквозь венцы до самого купола, что только держись. На вертикальные связи стен с фундаментом ушло 478 пудов четырехдюймового полосового железа. На металлические сжимы, стягивающие деревянные конструкции колокольни и куполов, — 120 пудов. Скоб – 48 пудов. Ну и самая мелочь – гвозди – 80,2 пуда (1283 кг). Я эти гвозди на своей шкуре прочувствовал, когда залезал на колокольню, на самый верх в маковку, на которой стоит крест. Маковка на четверике, а в нём сходятся брёвна кровли. Пролезаешь кошкой между ними, а со всех сторон гвозди торчат. Собор же оштукатуренный, а штукатурка на дранке.