Одним из центров повстанческого движения явился старинный уйгурский город Кучар. 7 июня 1864 года восставшие горожане взяли под свой контроль этот седой шахар. На центральной площади Кучара повстанцы избрали ханом Рашид-эд-дина из династии яркендских ходжей-каратаглыков (черногорцев), который официально стал именоваться как Ханходжа. В 1865 году в состав Кучарского ханства входили многолюдные уйгурские города Кучар, Корла, Турфан, Комул, Сайран, Аксу, Учтурфан с прилегающими к ним землями. Это уже было мощное государственное образование.
Ещё одним очагом восстания стала свободолюбивая Кульджа, административный центр провинции. В сентябре 1864 года Кульджа попала в руки восставших уйгур и дунган, которых поддерживали казахи. Уже в конце 1864 года почти весь край оказывается во власти повстанцев, здесь провозглашается государство, которое вошло в историю как Илийский султанат. Монархом провозглашается Мазамзат-бек, потомок князей Имин-ванов, позже страну возглавит любимец народа Алахан-султан. 27 января 1865 года город Шаушек (Чочек) очистили от цинских колонизаторов совместные отряды казахов и уйгур. Китайско-маньчжурские войска вынудили восставших покинуть город, но они продолжили борьбу в горах. Восстание охватило Яркенд, Хотан. Поднял голову и седой Кашгар, который изучил и любил Чокан. Сюда из Ферганской долины прибывает Бузрук-ходжа, сын популярного в народе хана Джахангира-ходжи, казненного цинскими колонизаторами. Вместе с ним в Кашгар попадает полководец Якуб-бек. Я неслучайно рассказал о данных фактах, это нужно, чтобы мы все ясно представляли, в какой политической обстановке находился соседний пограничный регион Китая, за событиями в котором внимательно наблюдал Чокан Валиханов и специальные царские службы.
Почему-то в исторической науке это восстание обычно называют «дунганским», хотя основной движущей его силой в Восточном Туркестане были уйгурские дехкане. Дело в том, что, во-первых, в китайском языке слово «хуэиминь» означает мусульмане, оно не делит людей по этнической принадлежности на уйгуров, казахов или дунган. Это китайское слово «хуэиминь» не совсем точно было переведено на русский язык, как «дунгане». Во-вторых, восстание начали во внутреннем Китае дунгане, а потом оно перекинулось в Восточный Туркестан и приобрело здесь национально-освободительный характер.
Стоит ли полностью доверять опубликованным письмам Чокана к генералу?
Настало время поговорить о письмах Ч. Валиханова генералу Г. А. Колпаковскому. До нас их дошло пять. Можно ли доверять им? У меня не было бы вопросов, если бы эта переписка была опубликована с оригиналов. Впервые эти письма были напечатаны профессором Н.И. Веселовским с копий, предоставленных Г.А. Колпаковским. В комментариях почти ко всем письмам можно прочитать, что «копии сильно искажены. Все ошибки и искажения исправлены по изданию проф. Веселовского». Считаю, что пока мы не увидим оригиналы, нельзя полностью доверять данным публикациям. Я ничего не хочу утверждать, но это факт. Очевидно, что некоторые отрывки писем были искажены или специально убраны. Хочу заметить, что любой внимательный читатель работ казахского ученого о поездке в Кашгарию заметит, что его симпатии на стороне коренного населения. Давайте вспомним некоторые отрывки из этих трудов. В своей книге «О состоянии Алтышара…» в главе «Правительственная система и политическое состояние края» казахский исследователь говорит: «Китайцы, сознавая своё бессилие, сделались подозрительными и злыми. После каждого восстания они неистовствуют, предают все грабежу, насилуют женщин, разрушают мечети и предают казни для внушения страху дервешей и других бедных людей… В обыкновенное время хотя явные грабежи оставляются, но притеснения сильны. Китайцы бьют на улицах всех, которые не сходят с лошадей, отнимают и бесплатно берут товары в лавках и даром обедают в ресторанах. Всякий китайский чиновник получает разные жизненные припасы даром, имеет клиентов из туземцев, которые находятся в их распоряжении как рабы».